درسته...منم یادم رفته بود نکونام چقدر استقلالیه....هوادار بنظرم باید حافظه شو بکار بندازه و اینا رو یادش بیاد:این عدم مقبولیت نکونام کار چند کانال تلگرامیه که دقیقا نمیدونم چرا اینقدر براشون مهمه نکونام سرمربی نشه! مخاطبان هم تو همین جو تو نظرسنجی های خود اونا شرکت می کنند. چرا باید این جو وحشتناک رو درست کنند که نکونام بیاد حتما نتیجه نمی گیره ؟؟؟
مربی خارجی خوب رو کی مخالفشه ؟ ولی باید واقع بین بود تو این اوضاع آیا کسی میاد و موفق میشه؟ چرا فکر میکنید نکونام موفق نمیشه ولی هر مربی خارجی به قول شما خوب بیاد ، استقلال صد در صد قهرمان میشه؟؟؟!!
فصل ۹۲–۱۳۹۱
جواد نکونام در تیر ۱۳۹۱ با عقد قراردادی یک ساله به تیم استقلال تهران پیوست. پیوستن نکونام به استقلال در حالی انجام شد؛ که امیر قلعهنویی سرمربی وقت استقلال، از او به عنوان کاپیتان جدید استقلال در فصل پیش رو نام برد. پس از انتشار خبر کاپیتانی نکونام در استقلال، فرهاد مجیدی که در آستانه پیوستن به استقلال قرار داشت؛ در مصاحبهای انتقادی اعلام کرد: «شرط قلعهنویی مبنی بر کاپیتان بودن نکونام در این تیم را نمیپذیرد».پس از مصاحبه مجیدی،نکونام نیز در واکنش به موضوع کاپیتانی استقلال اعلام کرد: «برای مربیگری یا کاپیتانی به استقلال نیامدهام، امدم که به تیم محبوبم کمک کنم اما هر تصمیمی که سرمربی تیم بگیرد، همه باید اطاعت کنند»جواد نکونام نخستین بار در هفته دوم لیگ برتر، در مقابل سایپا برای استقلال به میدان رفت. در این مسابقه که با شکست ۲–۱ استقلال همراه بود، فرهاد مجیدی که به دلیل مسئله کاپیتانی در استقلال حضور پیدا نکرده بود، از سوی هواداران این تیم تشویق شد. با گذشت شانزده هفته از مسابقات لیگ، نکونام در بازی با فولاد خوزستان که با شکست ۳–۲ استقلال همراه بود، از روی نقطه پنالتی اولین گل خود را برای استقلال به ثمر رساند. او تا پایان رقابتهای لیگ برتر، در مجموع ۵ بار برای استقلال گلزنی کرد (۳ گل از روی نقطه پنالتی) و همراه با این تیم، به مقام قهرمانی لیگ برتر دست پیدا کرد.فصل ۹۳–۱۳۹۲
جواد نکونام در تیر ۱۳۹۲ برای یک فصل دیگر قرارداد خود را با باشگاه استقلال تمدید کرد. تمدید قرارداد نکونام در حالی انجام گرفت که محمد عباسی وزیر وقت وزارت ورزش و جوانان در دوره محمود احمدینژاد؛ برای جلوگیری از رفتن این بازیکن به لیگ امارات (که به لیگ خلیج عربی تغییر اسم پیدا کرده بود) خواهان تمدید قرارداد این بازیکن با استقلال شده بود.علی کفاشیان رئیس وقت فدراسیون فوتبال ایران نیز اعلام کرد: «در نامهای به احمدینژاد خواهان پرداخت پول به نکونام برای ماندن این بازیکن در لیگ ایران شدهاست». این در حالی بود که امیر قلعهنویی سرمربی وقت استقلال؛ از تمدید قرارداد نکونام، اظهار بیاطلاعی کرده بود. جواد نکونام در دومین فصل حضور در استقلال، از روی نقطه پنالتی ۳ بار برای این تیم در مسابقات لیگ برتر گلزنی کرد. او در مسابقات لیگ قهرمانان آسیا نیز ۳ گل (۲ گل از روی نقطه پنالتی) برای استقلال به ثمر رساند.